无菌室净化工程的洁净度，一般从100至100，000级，级数的定义是以每立方英尺空气中所含微尘粒径大于0．5μm的粒子总数为基准。饮料工厂的空气洁净室，一般级数设计在10，000左右，充填包装作业可能严格控制在100，而原料调配，加工及杀菌区建议在100，000级。为维持洁净室内正压，一般是排气量较外界进气量少25％左右，无菌室与一般房间的必要压差要求在200Pa，而洁净级数不同的无菌室互相之间要求在66．66Pa。无菌风过滤器又称HEPA过滤器，它是过滤器中的超高性能过滤器，对0．3μm以上空气粒子的捕集效率达99．995％以上，除过滤致病菌外，空气中所有微生物几乎可全部滤除而达到绝对过滤。无菌加工的饮料包装技术主要应用于可连续输送的流体食品，无菌过程是非常复杂的连续式生产过程，在这过程中任何一项失误或产品的微生物再污染，都会影响整个无菌系统的失败，同时影响整批产品的卫生安全。