洁净室的分类可以按使用性质不同，洁净室大致可以分为三种类型：

①工业洁净室工程。例如电子工业、机械工业、化工等用的洁净室。

②生物洁净室。例如生物制药、食品、实验动物饲养，洁净手术部等。

③生物安全实验室工程。研究高危害性、传染性、病菌病毒等微生物的洁净室。其中，建筑行业比较容易接触到的是工业洁净室和生物洁净室，这两种洁净室具有不同的要求和特点，差异主要见下表：