在18世纪以前，世界上还没有医院的概念，到了1731年法国建立了世界上第一个外科医院，做为外科医院的重要组成部分 —— 手术室才正式产生了。为了提高手术的成功率、降低感染率，医学专家们进行了长期艰苦的奋斗和努力，到了1966年世界上第一个手术洁净室工程在美国新墨西哥州爱尔巴昆克市的巴顿纪念医院正式宣告建成。这一创举开创了洁净手术室的先河。它是一个垂直单向流的手术室，当时惠特康伯医生用一个10英尺×10英尺带有高效过滤器的天花板静压箱和一个围绕手术床的塑料帘子做成的垂直单向流洁净手术室。同年，在英国著名的查恩利医生为了避免髋关节手术过程中的感染，首先明确地提出了单向流在手术室中应用的理论，即在手术床的上方用一块带小孔的天花板来产生垂直单向流，使经过高效过滤器的洁净气流穿过带小孔的天花板覆盖手术区。后来又经过各国医学专家10多年的努力、改进和完善，其中包括手术服的型式改进和材质的变革，使手术的感染率由过去的31%下降到1%以下。到1980年美国已建成洁净手术部400多个；日本自1972年到1977年5年间建成洁净手术部100多个。

        我国第一个手术洁净室是1980年在黑龙江省人民医院改建成功的。是一间水平单向流的洁净室。1982年在沈阳军区总医院新建了有13间非单向流洁净手术室和洁净辅房的洁净手术部。开创了我国医院的手术部大规模地采用低级别非单向流洁净手术室的先例。接着1983年上海华山医院、辽宁省人民医院也先后建造了垂直单向流的洁净手术室。

      改革开放近20年是我国医院洁净手术部大发展的时期，到现在已有1000多家医院（大多在沿海发达的省市）建成了洁净手术部。