不同行业的洁净室厂房对空气质量的要求差别很大。装有排烟罩和污染控制设备的洁净室车间需要补充大量的洁净的空气, 如果这些洁净室车间所在地区环境空气受到污染, 那么在将补充的空气送入到洁净室之前必须先进行过滤。在半导体生产和制药工业中, 对空气的洁净度要求较高。典型的工作环境中,每立方英尺空气中含有500000个粒子, 而半导体生产的最新要求是每立方英尺空气中只有1 个粒子。因此, 工作间需要用经过HEPA高效过滤器过滤的洁净空气不断地循环换气。为保持HEPA高效过滤器的洁净效果和寿命, 还需要几段效率较低的预滤器联合使用，如初效过滤器、袋式中效过滤器等。
工业用洁净室要求连续有效地去除粒径更小的粒子。HEPA高效过滤器一度是效率最高的过滤器, 现在ULPA超高效过滤器则是效率最高的过滤器, 以后更高效率的新一代过滤器也将得以开发应用。微细玻璃纤维过滤介质是过滤器介质的主要选择, 但膜和静电增强介质已向该领域渗透, 并获得部分洁净室应用。